读懂异体 CAR-T 输注后的体内变化
奥根 IndelTrace 2.0
新一代供体来源 DNA 定量与示踪平台
异体 CAR-T 细胞输注后，如何观察其扩增、收缩与持续存在？除了检测外周血中的细胞数量和 CAR 转基因水平，细胞损伤与死亡相关的 DNA 释放信号，也为理解治疗细胞的体内变化提供了补充视角。
奥根诊断推出 IndelTrace 2.0，利用供受者之间的遗传差异识别供体来源 DNA，通过血浆供体来源游离 DNA（dd-cfDNA）的连续检测，为异体细胞治疗的体内动态研究提供分子层面的信息。
技术升级 支持低丰度供体信号识别
承接奥根第一代探针杂交捕获 dd-cfDNA 定量平台的技术积累，IndelTrace 2.0 采用多重 PCR 靶向扩增与插入缺失多态性（Indel）标记，开展供体来源 DNA 的识别、定量与动态监测。
基于供受者遗传差异进行识别，无需将特定 CAR 序列作为检测靶标，为不同异体细胞产品的监测研究提供技术路径。具体应用仍需结合供受者基因型、产品组成和样本条件开展验证。
降低背景干扰 观察微量信号
在低丰度供体 DNA 检测中，降低背景干扰有助于区分真实信号与检测噪声。奥根诊断专利申请《器官移植排斥风险检测方法及检测用分子标志物》公开的器官移植检测实施例显示：[1]
Indel 方法背景均值为 0.08%，所比较 SNP 方法为 0.36%，背景均值降低约 78%。
检测限（LoD）为 0.1%，定量限（LoQ）为 0.12%。
这些数据为低丰度供体 DNA 识别提供了方法学依据。将连续采样与输注前基线结合，有助于观察供体来源 DNA 信号随时间的变化，为研究细胞输注后的 DNA 释放过程提供信息。
上述指标来自专利公开文本中的器官移植实施例，受其样本、输入量及实验条件限制，不直接代表 IndelTrace 2.0 在异体 CAR-T 场景下已经完成验证的性能；背景降低比例也不等同于检测灵敏度提升比例。
三种检测 互补观察
异体 CAR-T 研究已采用流式细胞术、CAR-ddPCR 与供体遗传标记检测开展多维监测。[2] 血浆供体来源 cfDNA 的检测方法也已有分析性能研究。[3] 不同方法关注不同对象，联合使用有助于更完整地解释体内动态。
| 检测方式 | 检测对象 | 主要提供的信息 |
|---|---|---|
| 流式细胞术 | 经活细胞门控的 CAR 阳性细胞 | 细胞数量与表型；结果受检测面板、样本处理及采样部位影响。 |
| 细胞组分 CAR-ddPCR | CAR 转基因 DNA | 转基因水平及持续存在；不能单独证明细胞存活或功能。 |
| IndelTrace 2.0血浆 dd-cfDNA 检测 | 供体来源游离 DNA | 补充细胞损伤与死亡相关的 DNA 释放信息；需结合释放、清除及背景变化解释。 |
dd-cfDNA 不能单独区分凋亡与坏死，也不能直接换算为细胞死亡速率或活细胞存活时间。供体来源 DNA 也不等同于 CAR 阳性细胞来源 DNA；存在同供体其他细胞或多供体背景时，需要额外评估信号归属。三种方法的检测比例、分母和输入量不同，不宜直接按百分比比较灵敏度。
携手开展异体细胞治疗监测研究
奥根诊断期待与细胞治疗企业、临床研究团队及科研机构合作，将 IndelTrace 2.0 与流式细胞术、CAR-ddPCR 等方法结合，围绕扩增、收缩及持久性建立连续观察方案，探索供体来源 DNA 信号与细胞体内变化之间的关系。
奥根 IndelTrace 2.0｜识别微量供体信号，研究体内动态变化。
参考资料
[1] 苏州奥根诊断技术有限公司．器官移植排斥风险检测方法及检测用分子标志物．专利申请公开文本 CN118406771A，2024-07-30。https://patents.google.com/patent/CN118406771A/zh
[2] Moreno et al. Expansion, Persistence and Pharmacodynamic Profile of ADI-001, a First-in-Class Allogeneic CD20-targeted CAR Gamma Delta T Cell Therapy, in Patients with Relapsed/Refractory Aggressive B-cell Non-Hodgkin’s Lymphoma. ASH 2023. 该研究的供体遗传标记检测为细胞组分 DNA，并非血浆 dd-cfDNA。https://www.adicetbio.com/file.cfm/42/docs/3478.pdf
[3] Wong L et al. AlloCell cfDNA 分析性能验证会议摘要。Transplantation and Cellular Therapy. 2024;30(Suppl):S229，摘要 299。DOI: 10.1016/j.jtct.2023.12.299。